La struttura costituisce un unico corpo con la vicina chiesa parrocchiale di San Matteo. L’edificio sorse probabilmente sul luogo di un preesistente luogo di culto che fu sede della cinquecentesca confraternita dei Disciplinanti, quest’ultima impegnata a Laigueglia nell’assistenza ai bisognosi, nelle varie opere di carità e nel suffragio dei defunti. Al priore, tra gli altri compiti di gestione della stessa, spettava inoltre il controllo e la regola della pesca, attività principale del borgo costiero.
Il 22 luglio 1616, nella festività liturgica di santa Maria Maddalena, fu posta la prima pietra con un’opera di edificazione che complessivamente durò circa diciotto anni (1634). Di forma rettangolare con volta a botte lunettata e a navata unica, l’oratorio presenta finestre molto in alto per impedirne la visuale dall’esterno e una copertura in lastre d’ardesia dal colmo in coppi. L’altare maggiore è opera di Dionisio Corte, realizzato tra il 1671 e il 1673.
Tra le opere all’interno vi sono una pala di Domenico Piola del 1674, raffigurante la Santa Maria Maddalena nel deserto, una statua rappresentante Cristo morto e un altro dipinto, abbastanza deteriorato, con la Vergine fra san Pietro e sant’Antonio Abate. È inoltre presente un grande crocifisso del Seicento con ornamenti d’argento alle estremità dei bracci. Completano l’arredo dell’oratorio due file di panconi laterali del Seicento e una cantoria del Settecento.
Un recente restauro ha permesso la scoperta e relativa valorizzazione di un seicentesco affresco ritraente santa Maria Maddalena, circondata da angeli, vegliante sul borgo di Laigueglia mentre dai torrioni cinquecenteschi viene salutato l’arrivo delle barche coralline.