Il nucleo originario di Agliè (Ajé in piemontese), sorto sui resti dell'antica città romana di Alladium, era probabilmente situato sulle colline in località Madonne delle Grazie, venne menzionato per la prima volta nel 1019. All'epoca Agliè era un castello, edificato per difendere Macugnano. Il nome attuale compare invece nel 1141, quando i feudatari del Canavese si spartirono il territorio e il borgo passò sotto il controllo dei San Martino di Rivarolo e di Agliè. Nel 1386 i contadini attorno al borgo diedero vita ad una rivolta, ricordata con il nome di Tuchinaggio, e stroncata violentemente da Amedeo VII di Savoia, detto anche Conte Rosso. Forse grazie al suo buon governo, Agliè non prese parte a tale ribellione. Agliè venne coinvolta nelle lotte tra Guelfi di San Martino d'Agliè e Ghibellini dei Conti di Valperga. Nel 1391 grazie ai Savoia giunse la pace. Gli alliadesi chiesero ai loro signori, i Conti di Agliè, alcune concessioni e privilegi ottenendoli grazie alla fedeltà dimostrata ai loro feudatari al tempo del Tuchinaggio. Successivamente nel 1448 vennero concessi gli statuti comunali. Dopo la metà del XVI secolo, Agliè dovette anche subire le conseguenze della guerra tra Savoia e Francia.
La pace arrivò nel 1561, quando i Conti di Agliè giurarono fedeltà al duca Emanuele Filiberto di Savoia. Il Seicento vide la comparsa sulla scena storica un'importantissima figura per il paese, Filippo San Martino di Agliè, al quale si deve il restauro e l'ampliamento del castello di Agliè. Dopo la morte di Filippo, avvenuta nel 1667, bisogna aspettare circa un secolo prima che vengano conclusi gli ampliamenti del castello che possiamo ammirare ancora oggi. Nel 1796 il borgo venne invaso dai Francesi e il castello fu depredato. Nel 1825 Carlo Felice venne in possesso del castello e ne affidò il restauro all'architetto Borda di Saluzzo, che ne costruì anche il piccolo teatro interno.
Il Castello Ducale di Agliè costituisce una delle principali attrattive del borgo, insieme a Villa Il Meleto, che fu la residenza estiva del poeta Guido Gozzano.