Il polo museale dell'ex conservatorio di Santa Chiara è suddiviso in due piani. Quello inferiore ospita il Museo Archeologico e la Spezieria dello Spedale di Santa Fina. Il secondo piano ospita invece la Galleria d'Arte Moderna e Contemporanea "Raffaele De Grada".
Spezieria di Santa Fina
La collezione di contenitori ceramici e vitrei provenienti dall'antica Spezieria dello Spedale di Santa Fina, fondato nel 1253, costituisce uno dei contesti più belli e interessanti di San Gimignano. L'allestimento, oltre ad esporre un centinaio di vasi in ceramica e in vetro a partire dal 1400, riproduce l'antico assetto della farmacia con la suddivisione nello spazio dedicato alla vendita, la "bottega", e in quello deputato alla preparazione dei medicamenti, la "cucina". In qualche caso sono esposti anche gli antichi farmaci, rinvenuti all'interno dei contenitori. Dal 2008 il Museo ospita anche una preziosa raccolta di ceramiche del '500 e del '600 (Casteldelmonte, Faenza, Montelupo) donate alla Città da Fiamma e Gianfrancesco Pacchiani.
Museo Archeologico
La sezione dedicata agli Etruschi occupa quattro sale. I reperti, provenienti da necropoli ed insediamenti situati nel territorio di San Gimignano, risalgono al VII-I secolo a.C. La sezione dedicata al Medioevo si articola su due sale. All'interno della prima vengono spiegate le tecniche di produzione della ceramica e del vetro, mentre la seconda presenta ceramiche e vetri "finiti" costituenti i corredi da mensa e da cucina del periodo compreso fra il Medioevo e il Rinascimento.
Galleria d'Arte Moderna e Contemporanea
L'esposizione custodisce numerose opere d'arte, tra cui le tele di Raffaele De Grada, a cui è dedicata la Galleria e del quale conserva opere importanti come "Fuga in Egitto" e "Il ponte degli Scopeti", di Niccolò Cannicci, Renato Guttuso, Sergio Vacchi, Vinicio Berti, Carmelo Zotti, Luciano Bartolini, Marco Gastini. Un'intera sala è dedicata al ciclo "Il pericolo" di Giannetto Fieschi.