La chiesa di Santa Maria delle Grazie con il convento annesso è oggi universalmente conosciuto per essere stato il luogo in cui dimorò, dal 1916, e morì Padre Pio da Pietrelcina.
La costruzione della chiesa antica e del convento iniziò nel 1538 per opera degli abitanti di San Giovanni Rotondo, con l’approvazione del Vescovo di Siponto.
I lavori iniziarono nel 1540 e terminarono nel luglio del 1676.
Su un progetto dell’architetto Giuseppe Gentile di Boiano, i lavori della chiesa grande iniziarono il 2 luglio 1956 e la sua consacrazione avvenne il 1° luglio 1959.
Il giorno successivo, il Cardinale Federico Tedeschini incoronò il mosaico della vergine col titolo di “Madonna delle Grazie”, al quale furono poi aggiunte le figure di San Pio e di un angelo.
La chiesa antica è a pianta rettangolare e presenta una facciata semplice, decorata da un portale con una lunetta affrescata, un piccolo rosone e un campanile centrale a vela. L’interno possiede una navata unica, in stile barocco, con quattro cappelle laterali, ornate dai santi a cui sono intitolate.
L’altare maggiore è ornato da un affresco ligneo della Madonna col Bambino, circondata da entrambi i lati da San Giovanni Battista e l’Evangelista.
Presso l’entrata secondaria del convento, è situata la cella di Padre Pio aperta per le visite.
All’interno del convento è posta anche la cripta dove era ospitato il corpo di Padre Pio prima di essere trasferito nel vicino santuario progettato da Renzo Piano.
Dalla cripta si può accede ad un percorso che attraversa il convento permettendo di visitare alcuni dei luoghi dove è vissuto padre Pio come la cella e il coro della chiesa antica dove padre Pio ha ricevuto le stigmate.
La nuova chiesa presenta una pianta rettangolare a tre navate: la facciata a capanna è scandita alla base da sette logge, tre delle quali aperte come portali.
Al centro vi è il finestrone principale, attorniato ad ambo i lati da due ordini di finestre rettangolari, snelle e alte. Sulla destra vi è la sagrestia con in cima il concerto di campane, che suonano per scampanio dei martelletti. L’interno è in marmo verde, a tre navate, con volte a crociera e altare in marmo rosso, con il mosaico della Madonna delle Grazie col Bambino, ad opera del Tedeschini.
Sotto la Madonna vi è in ascensione Padre Pio.