Il toponimo Sant'Omobono (fino al 2004 Sant'Omobono Imagna, Santimbù in bergamasco) trova origine dal santo patrono della frazione di Mazzoleni, che compone il comune unitamente a Cepino, Selino Alto e Selino Basso. Le origini del paese dovrebbero risalire all'epoca medievale, quando nella zona, molto più che nel resto della provincia bergamasca, imperversavano scontri cruenti tra Guelfi e Ghibellini. La valle Imagna, prevalentemente guelfa, era in netta contrapposizione con l'attigua valle Brembilla, schierata con i Ghibellini.
I primi scontri videro prevalere i guelfi, tanto che i ghibellini chiesero aiuto ai Visconti, signori di Milano. Questi riuscirono a sconfiggere gli avversari e ad estendere il proprio dominio sulle valli della zona. Il modo con cui infierirono sugli avversari portò i guelfi a cercare più volte la vendetta con ulteriori uccisioni. Dopo continui ribaltamenti di fronte il dominio dei Visconti e dei ghibellini fu definitivo, anche se il rancore guelfo dava spesso seguito a rivolte popolari, avvenute anche a Sant'Omobono e soffocate con le armi. La situazione si rovesciò quando la zona passò sotto il controllo della repubblica di Venezia che, in contrapposizione con i Visconti, sosteneva lo schieramento guelfo. Seguirono distruzioni nei confronti dei possedimenti ghibellini, mentre i paesi guelfi, tra cui Sant'Omobono, ebbero un trattamento di favore.
I secoli successivi non videro fatti di rilievo coinvolgere la piccola comunità che, forte del proprio isolamento, seguì le vicende del resto della provincia senza parteciparvi in modo diretto. A partire dal termine del XVIII secolo il territorio cominciò a ritagliarsi una certa notorietà grazie alla presenza di acque sulfuree molto pregiate, le cui doti sono enunciate anche negli scritti di Giovanni Maironi da Ponte. Queste vennero classificate, a metà del XIX secolo, come tra le migliori conosciute sul territorio italiano, facendo nascere di conseguenza un'industria legata al loro sfruttamento, tanto importante da permettere il cambiamento del nome.
Il territorio è caratterizzato dalla presenza di terme di acque sulfuree che, unite alla tranquillità della zona ed all'aria pulita, rendono il luogo adatto a chi vuole trascorrere momenti di relax rigenerando il corpo. Molto interessante è la villa delle Ortensie, posta a fianco delle terme. Risalente al XIX secolo, presenta linee molto raffinate ed eleganti, grazie anche ad un recente restauro. In ambito religioso meritano menzione le chiese dei quattro paesi che compongono il territorio comunale. Quella di Mazzoleni, intitolata a Sant'Omobono, presenta un aspetto maestoso con linee settecentesche. Risalente alla seconda metà del XIX secolo, custodisce opere di buon pregio; la chiesa parrocchiale di Cepino, intitolata a San Bernardino, venne edificata nel XVI - XVII secolo con una struttura ad una navata in luogo di un precedente edificio di culto. Al suo interno si trovano opere di Gaetano Peverada.
L'edificio di maggior richiamo a Valsecca è indubbiamente la chiesa parrocchiale di San Marco evangelista. Edificata nel corso del XV secolo, ma soggetta a successivi ampliamenti (XVIII secolo) e ristrutturazioni (XX secolo), presenta al proprio interno dipinti di buon pregio, ma soprattutto un crocefisso in legno opera di frà Giovanni da Reggio. A Selino Alto si trova invece la chiesa parrocchiale di San Giacomo che, edificata nel XVIII secolo con uno stile neoclassico, presenta sculture di scuola fantoniana e dipinti di Francesco Quarenghi. In ultimo la chiesa di Santa Maria Immacolata che, posta nella frazione di Selino basso, venne edificata nel XX secolo.
Tuttavia l'edificio di maggior richiamo a livello religioso è indubbiamente il santuario della Cornabusa. Molto frequentato non solo dalla gente di tutta la valle, è una chiesa completamente ricavata nella roccia, elemento che la rende unica nel suo genere. Edificata nel XVI secolo si trova al centro di una leggenda popolare che troverebbe origine nel periodo medievale, quando un'anziana donna si rifugiò in una grotta naturale per rifugiarsi dalle lotte tra guelfi e ghibellini. Una volta terminati gli scontri, questa lasciò sul luogo una statuetta della Madonna, ritrovata qualche tempo più tardi da una giovane sordomuta che, dopo il ritrovamento, si sentì immediatamente guarita.