Il borgo di San Marco la Catola fu fondato da alcuni reduci della sesta crociata. Un'antica tradizione racconta che nel 1228 Federico II, capo supremo della sesta crociata, dopo la presa di Gerusalemme, liberò molti cristiani fatti prigionieri nelle crociate precedenti; parecchi di essi seguirono il re in Puglia, e, con il suo permesso, si fermarono sulla collina dove ora sorge il paese, costruendo, oltre alle proprie abitazioni, anche una chiesetta dedicata all'evangelista San Marco.
Stando ai documenti ufficiali, nel 1369 la regina Giovanna I di Napoli revocò l'esenzione dai tributi di cui gli abitanti di San Marco avevano sino ad allora usufruito. Nel 1441 Alfonso I d'Aragona affidò il paese a Leone di Sant'Agapito, proveniente da una nobile famiglia di Lucera. Nel 1505, col matrimonio tra Midea di Sant'Agapito e Carlo Gaetano, il feudo passò alla famiglia Gaetani d'Aragona. Nel 1637 Francesco Gaetani d'Aragona fu nominato primo duca di San Marco. Quando Violante Gaetani, ultima discendente della famiglia, che aveva ereditato il feudo, andò in sposa a Pompeo Pignatelli, portò in dote il feudo di San Marco. I Pignatelli mantennero il feudo sino all'eversione della feudalità (1806). Nel 1821 Giovanni Pignatelli cedette la proprietà del palazzo ducale per 1000 ducati, e vendette anche i terreni di sua proprietà in agro di San Marco.
A partire dal 1860 e il 1863 il territorio circostante San Marco fu interessato dal fenomeno del brigantaggio, tanto da indurre l'incaricato del governo, tenente colonnello Fantoni, ad emanare a gennaio 1862 un decreto di interdizione dei boschi di San Marco e dei comuni limitrofi ai cittadini, che vennero impossibilitati a lavorarvi o attraversarlo. Il 22 ottobre 1863 in uno scontro a fuoco con la guardia mobile fu ferito e catturato il bandito Titta Varanelli, che venne poi fucilato in piazza e lasciato per due giorni ad ammonimento della popolazione.
Meritano sicuramente una visita il Santuario della Madonna di Josafat e il Castello, detto anche Palazzo Ducale.