Il borgo di La Maddalena sorge sull'isola principale dell'omonimo arcipelago, costituito dalle seguenti isole: La Maddalena, Caprera, Santo Stefano, Spargi, Budelli, Santa Maria, Razzoli; altre piccole isole come: Giardinelli, Mortorio, Chiesa, Spargiotto più altri isolotti minori.
Frequentato fin dal neolitico (vi sono stati ritrovamenti nei tafoni verso le spiagge di Spalmatore), a seguito della caduta dell'Impero romano d'Occidente l'arcipelago di La Maddalena fu abbandonato dall'uomo fino al XVII secolo, quando vi si stabilirono pastori còrsi provenienti dall'Alta Rocca. La città di La Maddalena, risalente al settecento, sorge a sud dell'isola principale e si affaccia verso Palau.
Il 23 febbraio 1793 l'isola dovette fronteggiare il tentativo d'invasione dell'esercito francese al cui comando c'era un giovanissimo ufficiale corso di nome Napoleone Buonaparte. I francesi vennero fermati dalla flotta sarda comandata dal maddalenino Domenico Millelire, che divenne la prima medaglia d'oro al valor militare della marina italiana.
La Maddalena e l'intero arcipelago sono compresi all'interno del Parco Nazionale dell'Arcipelago di La Maddalena, un'area protetta marina e terrestre di interesse nazionale e comunitario. Rinomata località turistica, ha nel suo territorio molte spiagge, come la celebre Spiaggia Rosa, arenile a massima protezione ambientale situato a nord ovest dell'Arcipelago nell'isola di Budelli, famosa per essere stata il set del film Il deserto rosso di Michelangelo Antonioni.
L'arcipelago è noto anche per essere stato l'ultima dimora dell'Eroe dei Due Mondi Giuseppe Garibaldi che costruì, a Caprera la famosa "Casa bianca", oggi casa Museo aperta al pubblico e dove si può visitare la tomba dove riposa.
Il dialetto maddalenino (isulanu), simile al gallurese, essendo frutto di immigrazioni dalla Corsica sette-ottocentesche (e quindi relativamente recenti) è quello che maggiormente presenta affinità con i moderni dialetti del corso, in particolare con l'entroterra di Bonifacio e Porto Vecchio, mentre gli altri dialetti galluresi si presentano più affini alle varianti conservative del Sartenese e dell'Alta Rocca, anche se con alcune sfumature caratteristiche a causa delle contaminazioni genovesi, spezzine e ponzesi.
La piazzaforte militare ha rappresentato la principale risorsa economica per almeno un secolo ma oggi ha perso molta della sua importanza strategica considerato anche che la base statunitense di appoggio sommergibili presente sull'isola di Santo Stefano è stata dismessa definitivamente il 25 gennaio 2008. Tuttavia, l'isola ospita ancora una Scuola Sottufficiali di La Marina Militare Italiana, oltre a essere sede di Compartimento Marittimo e dell'importante centro di controllo del traffico marittimo delle Bocche di Bonifacio.
Molto importante per l'economia maddalenina è stata per quasi due secoli la cava di granito situata presso Cala Francese, rinomata per la qualità del materiale: infatti le 'opere' realizzate dagli scalpellini maddalenini venivano richieste in tutto il mondo, una leggenda metropolitana vorrebbe che la base in granito della Statua della Libertà fosse fatta proprio di granito maddalenino. Importante è stato anche il Mercato di La Maddalena, situato vicino al comune, che negli anni ha perso molti negozi interni. La pesca è poco praticata e quasi esclusivamente con nasse e reti a causa della zona scogliosa e del parco protetto.
Il turismo balneare e naturalistico grazie anche al parco marino transfrontaliero, rappresenta senz'altro il futuro di questo arcipelago. La splendida isola di La Maddalena è rinomata in tutto il mondo per le sue spiagge e per la limpidezza e la trasparenza delle sue acque che ricordano quelle caraibiche.