FLa collezione del Museo racconta nelle sale del piano terra la storia della città, dal municipio di età romana fino al periodo della dominazione veneziana. Le tappe sono scandite dagli splendidi mosaici provenienti dalle domus, dalle lettere scolpite nelle iscrizioni pubbliche e dalle sculture provenienti dalle chiese e dai palazzi della Cividale medievale. Il piano nobile ospita la ricchissima sezione longobarda, una mirabile sequenza di oggetti provenienti dalle necropoli di Cividale e del suo ducato, che racconta il fascino e la particolarità della cultura dei longobardi e tramanda l'importanza del loro contributo nella formazione dell'Italia medievale.
Il Lapidario
Il percorso espositivo del piano terra racconta la storia del centro urbano di Forum Iulli/Cividale declinando le varie tappe di una storia millenaria in forme di pietra. I frammenti scultorei e gli oggetti d'arredo liturgico esposti nella seconda sezione del lapidario, insieme ai capolavori attualmente presenti al Museo Cristiano presso il Duomo e nel “Tempietto longobardo”, testimoniano la ricchezza della decorazione architettonica e dell'arredo nei luoghi di culto di Cividale tra VI e IX secolo. L'ultima sezione del lapidario del museo è dedicata alla collezione Cernazai. Pietro Cernazai (1804-1858) è stato un colto e raffinato collezionista attivo nella Udine della prima metà del XIX secolo. La collezione giunta al Museo appare piuttosto eterogenea, composta da materiali provenienti da Roma (per la maggior parte lastre funerarie di colombario) e dall'area dalmatica (Issa, Salona e Iader).
Le Necropoli Longobarde
All'archeologia funeraria di età longobarda in Friuli è dedicato quasi l'intero piano nobile del Museo. L'esposizione è preceduta da pannelli che illustrano il percorso dalla Germania all'Italia del popolo germanico ed il contesto storico-geografico in cui avvennero i grandi spostamenti di popolazioni barbare dopo la fine dell'Impero romano di occidente. Nel salone centrale si trova invece l'allestimento dedicato alla necropoli sulla collina di S. Mauro, la più settentrionale tra quelle che cingono a a nord Cividale, e ne costituisce l'introduzione. È stato ricreato idealmente un settore del sepolcreto. I complessi sepolcrali esposti, caratteristici del modello culturale longobardo, e databili alle prime fasi dell'immigrazione in Italia, sono per lo più di eccezionale ricchezza e testimoniano l'alto livello sociale del gruppo qui sepolto: guerrieri e cavalieri di alto rango deposti con l'intero equipaggiamento militare, dame di livello sociale elevato con oggetti d'ornamento in oro, argento e pietre dure tipici del costume tradizionale attestato già in Pannonia; bambini con corredi comprendenti anche armi e gioielli tradizionali.