La Chiesa parrocchiale di Santa Margherita d'Antiochia è stata costruita nel 1318 ed essa è dedicata alla patrona del comune. Realizzata in stile gotico-ligure dai Maestri Antelami, sorge sulla scogliera affacciata sul porticciolo di Vernazza.
Secondo una leggenda, nell’antichità venne trovata lungo la costa del paese una scatoletta di legno contenente le ossa di un dito della mano di Santa Margherita. La popolazione interpretò questo avvenimento come un segnale per fondare una chiesa a lei dedicata, in un quartiere chiamato “isolotto”.
A causa di una forte mareggiata però la reliquia sparì, riapparendo tempo dopo nello stesso punto in cui venne trovata la prima volta.
Per questo motivo gli abitanti decisero di costruire la chiesa a picco sul mare dove si trova oggi.
L’edificio possiede due ingressi: uno sul fronte principale a Nord e l'altro, più comodo, in una delle absidi che si affaccia sull'ampia piazza alberata con vista al porticciolo.