Il Museo Delta Antico è un museo archeologico di Comacchio allestito nell'Ospedale degli infermi, imponente architettura neoclassica del Settecentesco, situata nel centro della città. Il Museo Delta Antico conserva una collezione di circa 2000 reperti sia di epoca protostorica, che di epoca spinetica - la città di Spina a pochi chilometri da Comacchio era un porto etrusco che commerciava con la Grecia - che di epoca romana e medievale. Vi è esposto anche il carico della Fortuna Maris, una nave commerciale di epoca imperiale riemersa nel 1981, il cui carico era visibile nel Museo della Nave Romana presso Palazzo Bellini.
L'Ospedale degli infermi (1778-1784) è opera dell'architetto ferrarese Antonio Foschini e presenta una facciata neoclassica con un timpano sorretto da 4 grandi colonne e due campaniletti laterali. La facciata posteriore è di Gaetano Genta. L'edificio fu utilizzato come ospedale fino alla metà degli anni Settanta del Novecento e rappresenta uno degli edifici più monumentali del centro storico di Comacchio. Sulla parte sinistra si trova la chiesa di San Pietro, o dell'ospedale.
Il museo presenta diverse sezioni dedicate a reperti delle culture che vissero nella zona del delta del Po oltre ad una sezione di tema geologico-ambientale che illustra i cambiamenti del territorio nel corso dei millenni, dalla formazione della pianura padana ai giorni nostri.
La sezione dell'età del bronzo finale e primo ferro mostra i reperti archeologici più antichi della zona, che evidenziano insediamenti umani e reperti simili a quelli di Frattesina pochi chilometri più a nord, un villaggio protostorico di considerevoli dimensioni (oltre 20 ettari) che si estendeva lungo la riva destra del maggiore ramo padano dell'età del Bronzo: il Po di Adria.
La sezione sull'età arcaica e classica mostra i reperti degli scavi archeologici della città etrusca di Spina; nella sua necropoli sono state trovate più di 4000 tombe, alle quali vanno aggiunti gli scavi di una parte dell'abitato. La città aveva un porto che collegava il territorio di influenza etrusca e anche l'Europa centrale con il mondo greco.
La sezione di età romana presenta tra gli altri il carico di una nave romana, la Stella Maris, riemersa nel 1981 durante i lavori di drenaggio di un canale. La nave, in eccezionale stato di conservazione, conteneva ancora tutto il carico (anfore con derrate alimentari, lingotti di piombo, alcuni tempietti votivi in piombo). L'intero carico nonché le attrezzature e l'abbigliamento dell'equipaggio sono esposti nel museo; lo scafo della nave al 2017 si trova ancora in fase di restauro.
Infine sono esposti reperti di età tardomedievale con oggetti legati al commercio del sale e alla manifattura di oggetti in vetro e metallo.