Situata nel rione di Sant’Eufemia, la chiesa rupestre della Madonna del Gonfalone fu scavata nel banco tufaceo tra IX e XI secolo, costituendo per secoli un rifugio sicuro e un importante luogo di culto. L’insediamento nacque come monastero (“laura”), costruito dai monaci basiliani, per mantenere acceso il culto sacro durante le persecuzioni religiose. Successivamente divenne una grancia (fattoria-convento), dipendente dall’Abbazia di Santa Maria del Mito.
La struttura si articola intorno ad un vano centrale quadrato, visibile all’esterno da un alzato con campanile a vela. Qui si colloca un piccolo altare barocco con l’affresco della Vergine col Bambino. I vani dell’ipogeo, più volte rimaneggiati nei secoli, sono sostenuti da diciannove colonne ottagonali.
Lungo le pareti rimangono tracce degli affreschi superstiti. Vicino all’ingresso è presente una Crocifissione con la Vergine e San Giovanni. La parete nord conserva il maggior numero di affreschi disposti in due differenti strati ascrivibili al XVI secolo circa. Sullo strato inferiore, oltre a due figure femminili, è rappresentata probabilmente la morte di San Bonaventura, avvenuta nel corso del secondo Concilio di Lione nel 1274.
