E’ costituito da tre padiglioni e sette sale espositive. La prima sala subito dopo l’ingresso è dedicata all’archeologia subacquea. Dal relitto dell’Elmo corinzio, di età arcaica (VI secolo a.C.) sono esposti alcuni resti di grandi anfore da trasporto, piccole kylikès ioniche, lucerne e un magnifico e raro elmo corinzio con calotta emisferica e paragnatidi incluse. Seguono un elmo attico-etrusco in bronzo, a paragnatidi mobili, con umbone a pigna e alcune anfore di tipo greco-italiche. Sono esposti pure una statuetta in bronzo del dio Arpocrate dal relitto mamertino, monete, pesi, un gruppo di lucerne, uno scalpellino, uno stilo ecc. Dal relitto delle colonne III secolo d.C. provengono invece molti oggetti di pregevole fattura in bronzo: un vaso porta profumi, un thermos, una bottiglia in vetro con cestino in fibre vegetali, tre strigili e varie monete. Segue l’esposizione di oggetti provenienti dal relitto di Afrodite (III secolo d.C.) con una bellissima statuetta in bronzo di Afrodite, vasi da portata, e alcuni sostegni di un triclinio. Dal relitto dei Sei Imperatori sono esposte ben 5.000 monete in bronzo (antoniniani), una stadera, pesi, scandagli e vari oggetti ornamentali. Infine dal relitto medioevale sono stati esposti alcuni attrezzi da maniscalco.
Uscendo dal Padiglione subacqueo, verso l’esterno del cortile, si accede immediatamente al padiglione est. La prima sala è dedicata ai vari insediamenti nel territorio in età preistorica, in particolare nell’età del bronzo XIX secolo a.C.-XV secolo a.C. Dall’arcaica necropoli di Rifriscolaro, sono esposti innumerevoli reperti che corredavano le sepolture. La Sala Persefone è dedicata ai culti noti a Kamarina. In particolare qui viene documentato il santuario di Demetra e Kore, portato alla luce da Paolo Orsi nel 1896. La Sala del Tempio di Athena presenta una parte del terrapieno di colmata IV secolo a.C. ), la rampa di acceso al pronao e le massicce strutture di fondazione del tempio. L’edificio templare è una cella in antis costruita in blocchi di calcarenite su un crepidoma a tre gradini. Il tempio era diviso in tre spazi corrispondenti al pronao,alla cella e all’opistodomo.
Infine nel padiglione ovest troviamo la Sala di Camarina classica, che rappresenta invece la storia urbanistica della nuova Kamarina, quella di età classica, dagli inizi del V secolo a.C., dove viene evidenziato l’importante spazio pubblico dell’Agorà e alcuni quartieri urbanistici con le varie plateie e stenopoi. Nella Sala della Necropoli di Passo Marinaro sono esposti vari corredi funerari risalenti al V-IV secolo a.C.